### R code from vignette source 'crlmmDownstream.Rnw'

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### code chunk number 1: loadData
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library(oligoClasses)
library(VanillaICE)
library(crlmm)
library(IRanges)
library(foreach)


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### code chunk number 2: data
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data(cnSetExample, package="crlmm")


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### code chunk number 3: parse_cnSet
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se <- as(cnSetExample, "SnpArrayExperiment")


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### code chunk number 4: windowselection (eval = FALSE)
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## library(ArrayTV)
## i <- seq_len(ncol(se))
## increms <- c(10,1000,100e3)
## wins <- c(100,10e3,1e6)
## res <- gcCorrect(lrr(se),
##                  increms=increms,
##                  maxwins=wins,
##                  returnOnlyTV=FALSE,
##                  verbose=TRUE,
##                  build="hg18",
##                  chr=chromosome(se),
##                  starts=start(se))
## se2 <- se
## assays(se2)[["cn"]] <- res$correctedVals


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### code chunk number 5: loesscorrection
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## TODO: correct for GC bias by loess
se2 <- se


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### code chunk number 6: hmm
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res <- hmm2(se2)


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### code chunk number 7: crlmmDownstream.Rnw:116-117
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toLatex(sessionInfo())