############################################################################## ############################################################################## ### ### Running command: ### ### /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R CMD build --keep-empty-dirs --no-resave-data OSTA.data ### ############################################################################## ############################################################################## * checking for file ‘OSTA.data/DESCRIPTION’ ... OK * preparing ‘OSTA.data’: * checking DESCRIPTION meta-information ... OK * installing the package to build vignettes * creating vignettes ... ERROR --- re-building ‘OSTA.data.Rmd’ using rmarkdown Quitting from OSTA.data.Rmd:112-124 [vis] ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Error in `.getSpatialPath()`: ! The 'spatial' directory was not found. --- Backtrace: ▆ 1. └─VisiumIO::TENxVisium(...) 2. └─VisiumIO:::.find_convert_resources(...) 3. ├─base::dirname(...) 4. └─VisiumIO:::.getSpatialPath(...) ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Error: processing vignette 'OSTA.data.Rmd' failed with diagnostics: The 'spatial' directory was not found. --- failed re-building ‘OSTA.data.Rmd’ SUMMARY: processing the following file failed: ‘OSTA.data.Rmd’ Error: Vignette re-building failed. Execution halted