############################################################################## ############################################################################## ### ### Running command: ### ### /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R CMD INSTALL ggtree ### ############################################################################## ############################################################################## * installing to library ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.5-x86_64/Resources/library’ ERROR: dependencies ‘ape’, ‘aplot’, ‘ggplot2’, ‘ggfun’, ‘yulab.utils’, ‘tidytree’, ‘treeio’, ‘scales’ are not available for package ‘ggtree’ Perhaps try a variation of: install.packages(c('ape', 'aplot', 'ggplot2', 'ggfun', 'yulab.utils', 'tidytree', 'treeio', 'scales')) * removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.5-x86_64/Resources/library/ggtree’