############################################################################## ############################################################################## ### ### Running command: ### ### /home/biocbuild/R/R/bin/R CMD build --keep-empty-dirs --no-resave-data bedbaser ### ############################################################################## ############################################################################## * checking for file ‘bedbaser/DESCRIPTION’ ... OK * preparing ‘bedbaser’: * checking DESCRIPTION meta-information ... OK * installing the package to build vignettes * creating vignettes ... ERROR --- re-building ‘bedbaser.Rmd’ using rmarkdown Quitting from bedbaser.Rmd:72-76 [bb_list_beds] ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Error in `recs$count`: ! $ operator is invalid for atomic vectors --- Backtrace: ▆ 1. └─bedbaser::bb_list_bedsets(bedbase) ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Error: processing vignette 'bedbaser.Rmd' failed with diagnostics: $ operator is invalid for atomic vectors --- failed re-building ‘bedbaser.Rmd’ SUMMARY: processing the following file failed: ‘bedbaser.Rmd’ Error: Vignette re-building failed. Execution halted