############################################################################## ############################################################################## ### ### Running command: ### ### /home/biocbuild/bbs-3.22-bioc/R/bin/R CMD build --keep-empty-dirs --no-resave-data --md5 UMI4Cats ### ############################################################################## ############################################################################## * checking for file ‘UMI4Cats/DESCRIPTION’ ... OK * preparing ‘UMI4Cats’: * checking DESCRIPTION meta-information ... OK * installing the package to build vignettes * creating vignettes ... ERROR --- re-building ‘UMI4Cats.Rmd’ using rmarkdown Quitting from UMI4Cats.Rmd:226-240 [digest] ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Error: ! 'bsgenomeName' is not an exported object from 'namespace:GenomeInfoDb' --- Backtrace: ▆ 1. └─UMI4Cats::digestGenome(...) 2. ├─base::message(...) 3. └─base::paste(...) ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Error: processing vignette 'UMI4Cats.Rmd' failed with diagnostics: 'bsgenomeName' is not an exported object from 'namespace:GenomeInfoDb' --- failed re-building ‘UMI4Cats.Rmd’ SUMMARY: processing the following file failed: ‘UMI4Cats.Rmd’ Error: Vignette re-building failed. Execution halted