############################################################################## ############################################################################## ### ### Running command: ### ### /home/biocbuild/R/R/bin/R CMD build --keep-empty-dirs --no-resave-data chimeraviz ### ############################################################################## ############################################################################## * checking for file ‘chimeraviz/DESCRIPTION’ ... OK * preparing ‘chimeraviz’: * checking DESCRIPTION meta-information ... OK * installing the package to build vignettes * creating vignettes ... ERROR --- re-building ‘chimeraviz-vignette.Rmd’ using rmarkdown Quitting from chimeraviz-vignette.Rmd:273-302 [unnamed-chunk-16] ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Error in `download.file()`: ! cannot open URL 'ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000/001/405/' --- Backtrace: ▆ 1. └─chimeraviz::plot_fusion(...) 2. └─chimeraviz::plot_fusion_separate(...) 3. ├─GenomeInfoDb::`seqlevelsStyle<-`(`*tmp*`, value = "UCSC") 4. └─GenomeInfoDb::`seqlevelsStyle<-`(`*tmp*`, value = "UCSC") 5. ├─GenomeInfoDb::`seqlevelsStyle<-`(`*tmp*`, value = value) 6. └─GenomeInfoDb::`seqlevelsStyle<-`(`*tmp*`, value = value) 7. └─BiocGenerics::mapply(...) 8. ├─BiocGenerics (local) standardGeneric("mapply") 9. │ ├─BiocGenerics::eval(mc, env) 10. │ └─base::eval(mc, env) 11. │ └─base::eval(mc, env) 12. └─base::mapply(...) 13. └─GenomeInfoDb (local) ``(dots[[1L]][[1L]], dots[[2L]][[1L]], "UCSC") 14. └─GenomeInfoDb:::.map_NCBI_or_RefSeq_seqlevels_to_UCSC(...) 15. └─GenomeInfoDb::getChromInfoFromUCSC(new_genome, map.NCBI = TRUE) 16. └─GenomeInfoDb:::.get_chrom_info_for_registered_UCSC_genome(...) 17. ├─BiocGenerics::do.call(...) 18. ├─base::do.call(...) 19. └─GenomeInfoDb (local) ``(...) 20. └─GenomeInfoDb::getChromInfoFromNCBI(assembly_accession, assembly.units = AssemblyUnits) 21. └─GenomeInfoDb:::.get_NCBI_chrom_info_from_accession(...) 22. └─GenomeInfoDb::fetch_assembly_report(accession, assembly_name = assembly_name) 23. └─GenomeInfoDb:::.form_assembly_report_url(...) 24. └─GenomeInfoDb::find_NCBI_assembly_ftp_dir(...) ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Error: processing vignette 'chimeraviz-vignette.Rmd' failed with diagnostics: cannot open URL 'ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000/001/405/' --- failed re-building ‘chimeraviz-vignette.Rmd’ SUMMARY: processing the following file failed: ‘chimeraviz-vignette.Rmd’ Error: Vignette re-building failed. Execution halted